Jabatan PERHILITAN berperanan untuk menguruskan kawasan perlindungan bertaraf Taman Negara, Rezab-Rezab Hidupan Liar dan tapak Ramsar. Pengurusan kawasan perlindungan ini bertumpu kepada perancangan dan perlaksanaan pelbagai aktiviti-aktiviti yang mesra alam yang memberi faedah kepada pemuliharaan jangka panjang kawasan perlindungan. Pembangunan kawasan perlindungan dilaksanakan secara lestari agar mendatangkan manfaat optima kepada manusia dan membawa kesejahteraan kepada alam sekitar untuk generasi masa kini dan akan datang.

Fungsi ini dilaksana di bawah program-program berikut:

• Pengurusan Taman Negara
• Pengurusan Rezab Hidupan Liar
• Pengurusan Tapak Ramsar dan Tanah Lembap
• Bersama Komuniti (Community Outreach Programme)
• Senarai Kawasan Perlindungan di Bawah Pengurusan Jabatan PERHILITAN