Program ini banyak melibatkan aktiviti-aktiviti pengumpulan maklumat asas biodiversiti fauna di lapangan dan di makmal bagi meningkatkan pengetahuan saintifik sedia ada. Penganalisaan data yang diperolehi melalui penyelidikan dapat membantu dalam konservasi spesies secara in-situ dan ex-situ serta meningkatkan pengurusan habitatnya, khususnya yang telah diwartakan sebagai kawasan perlindungan. Program Penyelidikan terhadap biodiversiti fauna ini merupakan satu tindakan yang diambil oleh kerajaan di bawah Strategi Pertama Dasar Kepelbagaian Biologi Kebangsaan. Pada masa kini, Jabatan PERHILITAN menjalankan 10 Projek Penyelidikan Biodiversiti dengan penglibatan kakitangan Jabatan secara aktif dalam kajiannya serta kerjasama dengan institusi-institusi penyelidikan dan NGOs dari dalam dan luar negara dalam penyelidikan biodiversiti fauna.