Program ini bertumpu kepada pengurusan habitat-habitat tanah lembap yang terletak di bawah pentadbiran Jabatan PERHILITAN. Oleh demikian Program ini dikendalikan menerusi aktiviti-aktiviti yang sama seperti Program Pengurusan Taman Negara. Selain daripada itu, terdapat aktiviti pemantauan kualiti air yang merupakan satu komponen penting dari segi konservasi tanah lembap. Dua buah tanah lembap yang terletak di bawah pengurusan Jabatan PERHILITAN adalah:

- Tapak RAMSAR Tasek Bera, Pahang
- Paya Indah Wetlands, Selangor